B. Baltrušaitytės kelias į literatūrą buvo nelengvas. 1974 m. palaidojus tragiškai žuvusį vyrą, poetą ir kritiką Antaną Masionį, vienišumas ir liūdesys pažadino joje kūrėją. Lig tol buvusi tik mokslininkė, pradėjo rašyti poeziją į literatūrinius leidinius – „Nemuną“ ir kitus. Pirmasis eilėraščių rinkinys „Žolynų prieglaudoj“ pasirodė 1980 m. Tais pačiais metais B. Baltrušaitytė-Masionienė buvo priimta į Lietuvos rašytojų sąjungą.
Po metų pirmieji bandymai prozoje – apsakymų rinkinys „Po pietvakarių dangum“ (1981 m.). Vėliau išleistos kitos poezijos knygos – „Upių pradžioj“ (1982 m.), „Šuliniai“ (1986 m.), „Lietuvninkų ir prūsų žemėj“ (1991 m.), „Lieptai“ (1985 m.), apysakų knyga „Sugrįžimai“ (1988 m.). Knyga „Po Žalgirio kautynių“ (1993 m.) sudaryta iš anksčiau vaikų periodikoje publikuotų apsakymų. 1991 m. išėjo 4-oji jos poezijos knyga „Lietuvninkų ir prūsų žemėj“. Eilėse kreipiamasi į H. Mantą ir M. Jankų, patys gražiausi eilėraščiai skirti K. Donelaičiui ir Vydūnui. Ši knyga ir kūryba suvedė rašytoją B. Baltrušaitytę ir grafikę Ievą (Evą) Labutytę. Jos abi domėjosi prūsų kalba, dalyvavo Vydūno draugijos renginiuose. Paskutinė B. Baltrušaitytės parašyta apybraižų knyga – „Mažosios Lietuvos moterys“ (1998 m.) – iliustruota I. Labutytės.
Kūrėjai 1986 m. už novelių rinkinį „Lieptai“ paskirta Žemaitės premija, o 1989 m. už apysakų knygą „Sugrįžimai“ – Gabrielės Petkevičaitės-Bitės premija. Už nuopelnus Mažosios Lietuvos kultūros paveldui ir Vydūnui jai suteiktas Vydūno draugijos garbės narės titulas.
2007 m. buvo išleista Birutės Baltrušaitytės kūrybos rinktinė „Atmintie karti būk saldi“, kurią sudaro esė apie knygą, eilėraščiai iš jau publikuotų rinkinių bei neskelbti eilėraščiai iš paskutinio rankraščio, ištraukos iš dienoraščių.
B. Baltrušaitytės-Masionienės plunksnai priklauso daug knygų ir straipsnių literatūros, kultūros, istorijos ir kitais klausimais, recenzijų, išspausdintų periodikoje ir įvairiuose rinkiniuose, vertimų iš estų, ukrainiečių, čekų, slovakų kalbų.
Literatūros mokslo darbus kraštietė pasirašinėjo Masionienės, o poeziją ir prozą – Baltrušaitytės pavarde. Tyrinėjo rusų, ukrainiečių, estų ir kitų tautų literatūras. Viena po kitos išleistos šešios B. Masionienės mokslinių tyrinėjimų knygos: „Dabartinės estų prozos bruožai “ 1977 m., „Levas Tolstojus ir Lietuva“ 1978 m., „Literatūrinių ryšių pėdsakais“ 1982 m., „Iš Kalevo šalies“ 1990 m., „Su savąja tauta“ 1994 m., „Baltijos tautos“ 1996 m.
